長期優良住宅の認定を受けるには、認定対象となる住宅の所在地を所管する所管行政庁に、必要な図書を添え認定申請書を提出する事が必要になります。
認定を申請する者のタイプは以下の３つがあり、それぞれ所定の認定手続きが必要となります。
①住宅を建築し、自ら住宅の維持保全を行うものが申請する場合
（建築主による申請であり、設計施工を行い、委託を受けた工務店が代行することが
できる。）
②販売等を目的に住宅を建築し、譲渡する譲受人と共同で申請する場合
（分譲事業者と譲受人が共同して申請する場合）
③販売等を目的に住宅を建築し、建築主が単独で申請する場合
（譲受人が決定する前に分譲事業者のみが申請する場合）
認定申請には、直接所管行政庁に必要な書類を持ち込む場合と、あらかじめ登録住宅性能評価機関に長期優良住宅の技術的審査を依頼し、その後、所管行政庁に認定申請を行う場合があります。
後者の場合、登録住宅性能評価機関に技術的審査を依頼した後に、認定基準に適合することを証する「適合証」の交付を受け、その適合証と共に必要書類を認定申請書に添付し所管行政庁に提出する事が必要になります。
また、法第６条第２項に基づき、長期優良住宅の認定申請とともに、建築確認申請を併せて行うこともできます。この場合は、認定申請を行う際に建築確認の申請書を併せて提出しなければなりません。
